Menurut Koordinator Dewan Mitra TNBNW, Danny Albert Rogi, saat ini TN Bogani Nani Wartabone sedang dalam ancaman berat. Ancaman ini klise salah satu masalah umum konserasi di Indonesia. Pertambangan!
Yang pertama, di daerah Toraut, Bolaang Mongondow. Saat ini, di sana terdapat pertambangan rakyat ilegal (peti: pertambangan tanpa ijin) yang telah berlangsung sejak tahun 1990-an. Masalahnya, sebagian masyarakat Dumoga yang bergantung hidup di pertambangan tersebut meminta agar areal yang saat ini mereka gunakan sebagai pertambangan itu (sekitar 500 ha) dilepas saja dari bagian TN Bogani Nani Wartabone untuk dijadikan pertambangan rakyat. Alasannya, lokasi ini telah menjadi tempat menggantungkan hidup warga Dumoga. Dengan di jadikan tambang rakyat akan mudah dikelola, terjamin keamanannya, lebih tertib, dan bisa menjadi sumber PAD. Keinginan ini telah didukung oleh sebagian elit legislatif dan eksekutif daerah setempat. Beberapa kali utusan dari daerah tersebut telah menghadap Menteri untuk membicarakan hal ini.
Yang kedua, di Kabupaten Bone Bolango, Gubernur Gorontalo menginginkan agar areal Taman Nasional (sekitar 14,000 ha) dilepas untuk areal pertambangan. Hal ini berkaitan dengan rencana investasi perusahaan tambang nasional ANTAM untuk mengolah emas di daerah tersebut. Wilayah yang ingin dikelola saat ini merupakan wilayah konsesi (kontrak karya PT Gorontalo Mineral, tepatnya blok 2 Tombulilato, lebih dari 26,000 hektar, dimana 14,000 ha masuk dalam kawasan TN Bogani Nani Wartabone). Dengan santainya, Gubernur menyatakan, bila TN Bogani Nani Wartabone bisa dilepas maka ia bisa menggantikan areal lainnya yang ada di Gorontalo untuk di jadikan Taman Nasional.
KHAS 